目前大家應(yīng)該是對imagej細(xì)胞計(jì)數(shù)（ImageJ使用教程之自動細(xì)胞計(jì)數(shù)篇）比較感興趣的，所以今天好房網(wǎng)小編CC就來為大家整理了一些關(guān)于imagej細(xì)胞計(jì)數(shù)（ImageJ使用教程之自動細(xì)胞計(jì)數(shù)篇）方面的相關(guān)知識來分享給大家，希望大家會喜歡哦。

imagej細(xì)胞計(jì)數(shù)（ImageJ使用教程之自動細(xì)胞計(jì)數(shù)篇）

文/ 利刃君

微信ID/ ziyuanliren666

全文共1626字，推薦閱讀時間5分鐘。

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前面的文章里利刃君為大家分享了ImageJ軟件，需要的小伙伴可以戳科研人必備圖像處理軟件—ImageJ軟件分享查看詳情。這里利刃君就為大家?guī)淼谝黄狪mageJ使用教程，在進(jìn)行細(xì)胞實(shí)驗(yàn)時，手動數(shù)細(xì)胞是一件極其無聊又耗費(fèi)精力的工作，下面我們就看一下如何利用ImageJ實(shí)現(xiàn)自動細(xì)胞計(jì)數(shù)，解放我們的雙手。

自動細(xì)胞計(jì)數(shù)

-壹-

導(dǎo)入圖像

打開想要處理的圖像，這里我們以一張DAPI免疫熒光染色的照片為例進(jìn)行說明。如下圖。

點(diǎn)擊File>Open>打開準(zhǔn)備好的圖像，也可將圖片直接拖動到菜單欄，即可打開。如下圖。

-貳-

將圖像轉(zhuǎn)為8-bit

首先需要將圖片轉(zhuǎn)為黑白灰的圖像，方便后續(xù)識別細(xì)胞。

點(diǎn)擊Image>Type>8-bit，此時圖片即已被去色。

-叁-

調(diào)整閾值，去除背景，選中細(xì)胞

①點(diǎn)擊Image>Adjust>Threshold對閾值進(jìn)行調(diào)整，主要是為了選擇細(xì)胞區(qū)域；

②因?yàn)槔芯@里選擇的是B&W（Black and White），所以圖像中黑色的區(qū)域就是已經(jīng)選中的區(qū)域，這里可以進(jìn)行更改，如若改為red，則紅色區(qū)域?yàn)檫x中的區(qū)域；

③另外我們發(fā)現(xiàn)Threshold窗口中有兩個調(diào)節(jié)框，我們可以通過左右拖動調(diào)節(jié)框中的滑塊對選擇的區(qū)域進(jìn)行調(diào)整。原則是盡可能的包含所有的細(xì)胞同時去除背景中的雜質(zhì)。

④拖動完成后點(diǎn)擊Apply，這樣閾值就設(shè)置好了。

-肆-

填補(bǔ)細(xì)胞核的空隙

在調(diào)節(jié)閾值減少背景的同時，可能細(xì)胞的一些不均勻部分也被減弱了，這時就需要進(jìn)行空隙填補(bǔ)，使得細(xì)胞變成實(shí)心球形來使自動細(xì)胞計(jì)數(shù)的結(jié)果更加可靠。

點(diǎn)擊Process>Binary>Fill Holes即可，如果沒有出現(xiàn)細(xì)胞有空隙的情況，則這一步就不需要進(jìn)行。

-伍-

打斷細(xì)胞核的重疊部分

細(xì)胞密度比較大時，通常會有細(xì)胞重疊或者貼近的情況。就會導(dǎo)致軟件識別時將兩個粘連在一起的細(xì)胞識別為一個，這時我們就需要利用Watershed自動識別重疊部分，隨后再將兩個細(xì)胞分離開來。

點(diǎn)擊Process>Binary>Watershed，此時可以看到粘連在一起的細(xì)胞已經(jīng)被分開。

-陸-

自動分析、計(jì)數(shù)顆粒

點(diǎn)擊Analyze>Analyze Particles，出現(xiàn)Analyze Particles界面，根據(jù)處理圖像的不同，設(shè)置不同的參數(shù)。

Size：0.05-Infinity——指分析顆粒尺寸大于0.05（一定注意這里的單位是inch），一直到無窮大的顆粒。（根據(jù)細(xì)胞大小，以及結(jié)果好壞來更改）一般可以通過選框工具選擇最小的細(xì)胞，點(diǎn)擊Analyze>Measure來看一下其大小，如我們這里顯示Area為104，我們就可以設(shè)置Size大小為90-Infinity。

Circularity：0.00-00——指圓度，可以根據(jù)細(xì)胞形狀，調(diào)整需要的圓度，00為標(biāo)準(zhǔn)圓，一般情況下只根據(jù)Size進(jìn)行限制就可以了。

Show：Overlay——指原本圖片上會展示出分析結(jié)果的外框。

Exclude on edges——處于邊緣的顆粒不計(jì)入。

設(shè)置完成后，點(diǎn)擊OK，即出現(xiàn)以下結(jié)果，Results窗口中顯示了統(tǒng)計(jì)出的細(xì)胞的數(shù)目，并且顯示了每個細(xì)胞的面積，一共為162個細(xì)胞。

另外，我們可以查看原圖中有沒有漏選或者多選的細(xì)胞，如果有可以返回Size設(shè)置頁面重新設(shè)置閾值，再次進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。

以上就是利刃君為大家?guī)淼氖褂肐mageJ軟件進(jìn)行自動細(xì)胞計(jì)數(shù)的方法，需要注意的是自動計(jì)數(shù)的結(jié)果并非絕對準(zhǔn)確，大家要根據(jù)自己的經(jīng)驗(yàn)優(yōu)化參數(shù)設(shè)置，來使結(jié)果更加可靠。

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