今天小風(fēng)給大家收集了一些如何用primer premier設(shè)計引物，怎樣用primer premier5.0軟件設(shè)計引物序列方面的信息來分享給大家，如果大家感興趣的話就接著看下面得文章吧

Premier 的主要功能分四大塊，其中有三種功能較常用，即引物設(shè)計（primer），限制酶切點分析( enzyme)，基元查找( motif)。該軟件還有別的一些功能，如序列”朗讀”，DNA 與蛋白序列的互換（protein），發(fā)聲提示鍵盤輸入等，但其中最優(yōu)秀的卻是能設(shè)計簡并引物。下面介紹用primer premier5、.0軟件設(shè)計引物序列的方法。方法

1、Premier 軟件的起動并打開一段序列后，界面如圖所示。其主要功能在主界面上一目了然（按鈕功能如上述）。限制酶切點分析及基元查找功能比較簡單，點擊該功能按鈕后，選擇相應(yīng)的限制酶或基元（如-1、0 序列，-3、5、 序列等），按“確定”即可。常見的限制酶和基元一般都可以找到。你還可以編輯或者添加新限制酶或基元。

2、進(jìn)行引物設(shè)計時，點擊“primer”按鈕，界面如圖所示。

3、進(jìn)一步點擊“search”按鈕，出現(xiàn) search criteria 窗口，有多種參數(shù)以調(diào)整。搜索目的（Seach For）有三種選項，PCR 引物（PCR Primers），測序引物（Sequencing Primers），雜交探針（Hybridization Probes）。搜索類型(Search Type)可選擇上、下游引物（Sense/Anti-sense Primer）都分別查找(Both)，或者成對查找（Pairs），或者分別以適合上、下游引物為主（Compatible With Sense/Anti-sense Primer）。另外還可改變選擇區(qū)域（Search Ranges），引物長度（Primer Length），選擇方式（Search Mode），參數(shù)選擇（Search Parameters）等等。研究人員可根據(jù)自己的需要設(shè)定各項參數(shù)。如果沒有特殊要求，建議使用默認(rèn)設(shè)置。然后按“OK”，隨之出現(xiàn)的 Search Progress 窗口中顯示 Search Completed 時，再按“OK” ，這時搜索結(jié)果以表格的形式出現(xiàn)，有三種顯示方式，上游引物（Sense），下游引物(Anti-sense)，成對顯示(Pairs)。

4、默認(rèn)顯示為成對方式，并按優(yōu)劣次序（Rating）排列，滿分為 1、00，即各指標(biāo)都能達(dá)標(biāo)，如圖所示。

5、點擊其中一對引物，如第 1、#引物，并把上述窗口挪開或退出，顯示 Peimer Premier 主窗口，如圖所示。該圖分三部分，最上面是圖示 PCR 模板及產(chǎn)物位置，中間是所選的上下游引物的一些性質(zhì)，最下面是四種重要指標(biāo)的分析，包括發(fā)夾結(jié)構(gòu)（Hairpin），二聚體（Dimer），錯誤引發(fā)情況（False Priming），及上下游引物之間二聚體形成情況（Cross Dimer）。

6、當(dāng)所分析的引物有這四種結(jié)構(gòu)的形成可能時，按鈕由“None”變成“Found” ，點擊該按鈕，在左下角的窗口中就會出現(xiàn)該結(jié)構(gòu)的形成情況。一對理想的引物應(yīng)當(dāng)不存在任何一種上述結(jié)構(gòu)，因此最好的情況是最下面的分析欄有“Found” ，只有 “None”。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度，可參考應(yīng)用。有時需要對引物進(jìn)行修飾編輯，如在 5、’端加入限制酶切點，可點擊“Edit Primers”，然后修改引物序列。若要回到搜索結(jié)果中，則點擊“Results”按鈕。

本文到此結(jié)束，希望對大家有所幫助。

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