隔離留種佛手瓜為雌雄同株異花授粉植物，留種栽培時應注意將品種（品系）進行隔離。常采取的辦法有地域隔離法和人工套袋隔離法。

地域隔離法大范圍留種時，品種間種植距離至少相隔1000米，如有高山等天然隔離屏障，則可縮短至500米左右。

人工隔離法少量留種時，可在雌雄花開放前1～2天，分離套上紙袋，或用保險絲、小塑料夾夾住花瓣，授粉時將剛開放的雄花花粉涂在雌花的柱頭上，隨即套回紙袋或夾住花瓣，不讓昆蟲傳粉。人工幫助授粉宜在上午6：00～8：00進行。

種瓜采收種瓜必需到達生理成熟期才可采收，即果皮由綠色變淡黃色，或由白色變淡黃白色，皮面光滑、變硬，有刺種刺瘤剛硬，手摸有刺感。選用瓜型長、大、直，刺少，縱溝淺，無傷口的果實作種瓜。種瓜大小與出根、出芽有親密的關系，一般以單瓜重150～200克為宜。成熟度高，出芽快，若不立即播種，宜選擇約有八成熟的瓜作種，并需在12～15℃的條件下貯藏。

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